El Fuerte de San Marcos fue construido durante la Segunda Guerra Carlista para apoyar a las tropas móviles del pretendiente. Se convirtió en un lugar estratégico por la proximidad de Rentería, del puerto de Pasajes, de la línea del ferrocarril y la carretera nacional.

Aunque en principio destacaba por su sencillez constructiva, pues estaba constituido básicamente por trincheras, finalizada la guerra fue reconstruido hasta conformar el fuerte actual. La obra fue encargada al Capitán Luis Nieva y estaba enmarcada en el proceso de reorganización militar de la zona entre San Sebastián e Irún, que tomó el nombre de "Campo Atrincherado de Oyarzun". El proyecto tuvo un presupuesto de más de dos millones de pesetas y fue terminado en cuatro años.

El fuerte está dividido en lo que Luis Nieva llamaba la obra baja y la obra alta:

En la baja destaca la Batería a barbeta, orientada hacia Oyarzun.

En la obra alta encontramos el piso superior, el inferior y el patio:

o Superior: Formado por 15 casamatas con sus correspondientes cañoneras y piezas de artillería. Estas casamatas están cubiertas con bóvedas de hormigón de medio cañón o cónicas y cuentan con ventanas en el muro que da al patio. Aprovechando el grosor de los pilares hay abiertos unos huecos que hacen la función de repuestos, dos de los cuales poseían ascensores que comunicaban directamente con el piso inferior, con los almacenes de material.

o Inferior: Destacan el Cuerpo de Guardia y los Pabellones del Gobernador y de los oficiales.

o Patio: Es lo más destacable de la fortificación, bajo la que se encuentra un aljibe compuesto por dos depósitos, con sus respectivas bombas y con una capacidad de 100m3. Esto permitía que una guarnición de 200 hombres pudieran resistir 143 días, cerca de 5 meses, sin que lloviera.

o Foso: El Fuerte está rodeado de un foso de ocho metros de anchura, salvo en el frente de la caponera y la media caponera, donde ésta se reduce a seis.